Закончил в 1988 году Новосибирский государственный медицинский университет по специальности лечебное дело.

В 1990 окончил клиническую ординатуру, в 1994 очную аспирантуру по акушерству и гинекологии в Новосибирском государственном медицинском университете.

В 1994 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Лечение острых неспецифических послеабортных метроэндометритов методом внутриорганного электрофореза антибиотиков», в 1997 году - докторскую диссертацию на тему «Воспалительные процессы органов малого таза у женщин в условиях ферментативной и сорбционной терапии».

С 1998 по 2014 год заведовал кафедрой акушерства и гинекологии лечебного факультета Новосибирского государственного медицинского университета.

В 1999 году присвоено ученое звание «профессор». Под руководством О.Г. Пекарева защищено 5 докторских и 31 кандидатская диссертация.

С 2002 по 2014 года являлся главным акушером-гинекологом Минздрава России в Сибирском федеральном округе.

Круг научных интересов профессора Пекарева О.Г. – самопроизвольные роды у пациенток с рубцом на матке после операции кесарева сечения и миомэктомии, вертикальные роды,  воспалительные заболевания органов малого таза у женщин, органосохраняющий подход в лечении миомы матки, вопросы контрацепции и планирования семьи.

Пекарев О.Г. – врач высшей категории, награжден Грамотой Министерства здравоохранения РФ и нагрудным знаком «Отличник здравоохранения».